Hambaarstiteaduse instituudi teadustöö temaatika on küllaltki lai, sest instituudi alla on koondatud hambaarstiteaduse kõik kitsad ainevaldkonnad - suu- ja hambahaigused, ortodontia, suu- ja näolõualuudekirurgia, ortopeedilise stomatoloogia, suutervis, lastestomatoloogia jne.
Instituudi jooksvad teadusteemad on praegu näiteks:
Insituut teeb tihedat teaduskoostööd nii Tartu Ülikooli allüksuste kui ka välisülikoolidega, teiste hulgas Turu Ülikool, Karolinska Instituut, Malmö Ülikool, ACTA, Riia Stradiņši Ülikool, I.P.Pavlovi nim. Peterburi I Meditsiini Ülikool, N.N. Burdenko nim. Voroneži Meditsiini Akadeemia, Helsingi, Oulu ja Aacheni ülikoolidega.